El 13 de mayo de 1612 llega a Concepción en calidad de visitador del reino de Chile, el padre Luis de Valdivia, S.J, con la idea de evangelizar, defender a los indígenas y contener a los españoles con su famosa guerra defensiva. Funda el Colegio en 1613, en cuyas aulas estudia entre otros, Francisco Núñez de Pineda, autor de Cautiverio Feliz.
El padre Diego de Rosales, autor de la obra Historia General del Reino de Chile, llega en 1640 y es nombrado rector del Colegio hasta 1662.
En 1724 se crea, a partir del Colegio, la Universidad Pencopolitana. En 1751 se traslada desde Penco a Concepción a su actual ubicación, y la Compañía de Jesús instala en la manzana adyacente delimitada por O’Higgins, Colo Colo, San Martín y Castellón, el Colegio Consistorio de San José.
Los jesuitas son expulsados el 26 de agosto de 1767 y en 1871 vuelven a Concepción, por petición de Monseñor Hipólito Salas, para hacerse cargo de la Casa de Ejercicios y pronto desarrollan un importante papel social en el populoso barrio de clase obrera ubicado en el sector de Los Carrera y San Pedro del Rio. Esta preocupación dio origen a la Escuela San Ignacio.
Los terremotos destruirían la escuela (1939 y 1960), no así la labor educativa, que continuó en barrancones levantados para no interrumpir la educación.
Al adquirir la enseñanza media, el Colegio pasó a depender de la Fundación San Juan del Castillo, presidida por laicos. Desde entonces, los rectores también han sido laicos. El colegio crecía y necesitaba nueva casa, además de querer marcar mayor presencia en la comunidad, por ello nació, al amanecer del milenio, la idea de un nuevo hogar.
El 10 de marzo de 2008, el Colegio comenzó sus clases en la comuna de San Pedro de la Paz.
Este nuevo edificio ha sido un proyecto largamente buscado. Es un verdadero regalo de Dios que ha pasado por la voluntad de muchas personas laicas y jesuitas: una gran cantidad de gente dio mucho de su tiempo, paciencia y energía para lograr esta primera etapa del nuevo San Ignacio de Concepción.
El antiguo edificio, durante 2008, pasa a formar el centro de estudios INFOCAP, que imparte cursos a gente trabajadora que no tienen otra opción de capacitación, devolviendo este espacio a los más pobres y especialmente a la formación del mundo obrero.
Penco 1613-1751
Concepción 1751-1767
Concepción 1887-2007
San Pedro de la Paz 2008
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